Antibiotici se koriste za liječenje ozbiljnih bakterijskih infekcija. Oni ubijaju loše bakterije, kao i one dobre i, zbog toga, trebaju se koristiti kao posljednje sredstvo. Prema riječima Doggies Paradise, web-lokacije za zdravlje pasa, kada antibiotici koriste krajeve, loše bakterije često sežu brže od dobrog. To može uzrokovati probavne smetnje kao i bolest unutar crijevnog trakta. Stoljećima su vlasnici kućnih ljubimaca koristili alternativne lijekove i prirodne antibiotike za liječenje bolesti kod pasa. Ova jeftina metoda liječenja učinkovito se odnosi na zdravlje pasa bez ubijanja dobrih bakterija koje tijelo treba za optimalno zdravlje.
Veterini često propisuju antibiotske lijekove za bakterijske infekcije, ali ponekad i za virusne ili gljivične infekcije na kojima antibiotici nemaju pozitivan učinak.